신속한 염기서열 분석으로 유전자에서 높은 신생아 간질 진단율 제공

뉴욕 – 유아 간질에 대한 다국적 게놈 연구의 초기 결과에 따르면 신속한 전체 게놈 시퀀싱(WGS)이 보다 일반적인 방법에 비해 진단 수율이 향상되어 전체 게놈 테스트가 진단 및 개발을 위한 치료의 표준이 되기를 바라는 사람들에게 희망을 주는 것으로 나타났습니다. 신생아의 유전 질환에 대한 치료 계획.

이번 달 Lancet Neurology에 발표된 연구에서는 IPCHiP(International Precision Child Health Partnership)의 파일럿이자 초기 주력 프로젝트인 소아 간질 서비스의 유전자 단축 평가 시간(Gene-STEPS)을 설명했습니다. 이 논문은 Gene-STEPS에 참여한 최초 100개 가족에 대한 데이터를 보고했으며, 이는 2022년 8월 31일에 종료된 12개월 동안의 등록을 나타냅니다.

부모-자식 트리오의 신속한 WGS를 사용하여 임상의는 연구 대상 아기 100명 중 43명에서 유아 간질을 진단할 수 있었습니다. 이는 비신속 게놈 서열 분석을 사용한 이전 연구에서 발견된 48%의 수율에 가깝고 다른 연구자들이 마이크로어레이를 사용하여 달성한 것보다 훨씬 높은 수치입니다. 유전자 패널 및 엑솜 시퀀싱.

저자는 "대부분의 경우 유아와 그 가족에 대한 유전 진단의 즉각적인 임상적 유용성을 입증합니다"라고 썼습니다. "우리의 연구 결과는 이 취약한 집단에 대한 긴급한 표적 관리를 알릴 수 있는 조기 병인 진단을 촉진하기 위해 최첨단 신속 게놈 테스트의 사용을 촉진하는 지원을 제공합니다."

IPCHiP 및 Gene-STEPS에는 호주 멜버른의 Murdoch 아동 연구소, 캐나다의 토론토 기반 아픈 아동 병원(SickKids), 영국 University College London의 Great Ormond Street 아동 건강 연구소 및 보스턴이 포함됩니다. 미국의 어린이병원.

IPCHiP 연합은 2019년에 결성되었습니다. "그 이후로 우리는 소아 정밀 진료의 다양한 측면을 발전시키기 위해 이 4개의 주요 아동 병원에서 보유한 전문 지식과 자원을 활용하려고 노력해 왔습니다."라고 신경 정신 의학 유전학인 Gregory Costain은 설명했습니다. SickKids의 전문가이자 Lancet Neurology 논문의 공동저자입니다.

Costain은 설명할 수 없는 간질이 있는 유아를 위한 신속한 WGS를 "1단계 테스트"로 만드는 것이 목표라고 말했습니다. 논문은 Gene-STEPS가 원인이 불분명하지만 유전적이라고 생각되는 다른 질병으로 전파될 수 있음을 시사했습니다.

네 곳 모두 짧은 판독의 Illumina 기기로 시퀀싱을 수행했지만 각 기관은 2차 및 3차 분석을 위해 서로 다른 방법과 도구를 선택할 수 있었습니다.

결국 온타리오 주 전역의 신생아를 위한 신속한 WGS를 지원하기 위해 SickKids는 임상 진단 실험실에 새로운 프로토콜과 워크플로를 설정했습니다. Costain은 SickKids가 변형 호출 및 정렬을 포함한 2차 분석을 위해 Illumina의 Dragen 소프트웨어를 사용한다고 말했습니다. 3차 분석을 위해 병원은 Illumina 소유의 또 다른 제품인 AI 기반 변형 큐레이션 및 해석 애플리케이션인 Emedgene을 선택했습니다.

Boston Children's는 빠른 WGS를 코네티컷 주 스탬포드에 본사를 둔 GeneDx에 아웃소싱합니다. 호주와 영국의 병원은 이 연구를 위해 국가 및 지방 유전체학 인프라를 사용하고 있습니다.

"모든 경우에 우리는 시퀀싱을 지원하기 위해 연구 자금을 사용함으로써 패러다임을 발전시키고 있었습니다. 왜냐하면 이 네 곳 중 어느 곳에서도 신속한 게놈 시퀀싱이 간질이 있는 모든 아기에 대한 일상적인 임상 테스트로 간주되지 않기 때문입니다."라고 Costain은 설명했습니다.

신속한 WGS가 신생아 선별검사 및 소아 진료의 일상적인 부분이 되려면 임상 워크플로와 일선 의사를 위한 교육을 통합하는 등 아직 많은 일이 이루어져야 합니다.

Costain은 "의료 유전학자로서 환자를 위한 시기적절하고 포괄적인 유전자 검사에 접근할 수 있다는 아이디어에 많은 투자를 했습니다."라고 Costain은 말했습니다. 그러나 이를 위해서는 진단 수율을 넘어서는 증거 기반의 생성이 필요합니다.

그는 “게놈 서열분석이 표적 접근법보다 더 많은 진단을 찾아낼 것이라는 데 대부분 동의할 수 있다고 생각한다”고 말했다. "문제는 그것이 비용 효과적인지, 그리고 의료 업무로 통합되기 전에 우리가 알아야 할 더 나은 또는 더 나쁜 다른 다운스트림 결과가 있는지 여부입니다."